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pourquoi il ne faut pas s’inquiéter


Un groupe de scientifiques internationaux réputés a annoncé avoir identifié un nouveau coronavirus canin. Leurs résultats ont fait l’objet d’une publication dans la revue spécialisée Clinical Infectious Diseases. On y apprend notamment que ce nouveau coronavirus a été découvert dans des échantillons prélevés sur des patients hospitalisés pour pneumonie dans hôpital du Sarawak, un État de Malaisie situé sur l’île de Bornéo (en 2018, ndlr).

Cette découverte peut sembler alarmante : les chiens pourraient-ils nous transmettre de dangereux coronavirus ? Pas de panique : nous allons rapidement nous apercevoir qu’il n’y a pas de raison de s’inquiéter.

Que savons-nous de ce coronavirus canin ? Première information importante : il diffère beaucoup du coronavirus SARS-CoV-2 à l’origine de la pandémie de Covid-19. La famille des coronavirus peut en effet être divisée en quatre groupes : les coronavirus alpha, bêta, gamma et delta. Les coronavirus canins font partie du groupe des alpha-coronavirus, tandis que le SARS-CoV-2 fait partie du groupe des bêta-coronavirus. Ces deux groupes sont totalement distincts.

Les scientifiques connaissent l’existence des coronavirus canins depuis près de 50 ans. Ces virus n’intéressaient principalement que les virologues vétérinaires et, occasionnellement, les propriétaires de chiens. Il n’existait jusqu’ici aucun compte-rendu établissant que ces coronavirus pouvaient infecter l’être humain. Mais cela ne signifie pas qu’ils ne le faisaient pas ; la situation actuelle, en braquant les projecteurs sur les coronavirus, nous amène en effet désormais à en découvrir dans des endroits où nous ne les avions jamais cherchés jusqu’à présent.

Les infections à coronavirus canin mises en évidence chez l’être humain, dont la découverte a été rapportée dans Clinical Infectious Diseases, ont d’ailleurs été identifiées incidemment. Les patients dont provenaient les échantillons avaient été depuis longtemps guéris de leur pneumonie, et les scientifiques ne recherchaient pas spécifiquement de coronavirus canin dans les prélèvements à leur disposition. Ils s’efforçaient de mettre au point un nouveau test destiné à détecter simultanément tous les types de coronavirus (test qu’ils ont baptisé pan-CoV).

Après avoir mis au point leur protocole et confirmé qu’il fonctionnait sur des échantillons de virus cultivés en laboratoire, les chercheurs l’ont utilisé pour tester 192 échantillons d’origine humaine, qui avaient été prélevés par écouvillonnage sur des patients hospitalisés pour pneumonie en Malaisie. Neuf de ces échantillons se sont révélés positifs aux coronavirus.

Un thermocycleur pour réaliser des PCR thermocycler
Un test PCR a permis d’identifier un coronavirus canin qui n’avait été retrouvé nulle part ailleurs.
Evgeniy Kalinovskiy/Alamy

Une analyse plus poussée a montré que cinq de ces neuf échantillons contenaient des coronavirus humains ordinaires, pouvant causer des rhumes. Mais, étonnamment, quatre échantillons contenaient des coronavirus canins. Une étude plus approfondie des prélèvements des patients provenant du même hôpital a révélé que quatre échantillons supplémentaires étaient eux aussi positifs pour ces coronavirus canins.

Les chercheurs ont ensuite étudié les prélèvements provenant du nez et de la gorge de ces huit patients afin de tenter d’en apprendre davantage sur les coronavirus canins qu’ils contenaient. Dans leur laboratoire, ils ont placé les échantillons en contact avec des cultures de cellules de chien, afin de déterminer si des virus infectieux s’y trouvaient encore. L’expérience n’a été concluante qu’avec un seul de ces échantillons : les virus qu’il contenaient se sont effectivement répliqués, et des particules virales ont pu être observées au microscope électronique. Les scientifiques ont également été en mesure de séquencer le génome de ce virus.

L’analyse des données a montré que ce coronavirus canin est étroitement apparenté à quelques alphacoronaviruses différents, dont certains infectent les cochons et les chats. Elle a aussi révélé que ce coronavirus n’avait jamais été identifié ailleurs.

Aucune preuve de dissémination

Ce coronavirus canin était-il à l’origine de la pneumonie des huit patients ? À l’heure actuelle, il est impossible de l’affirmer. Sept des huit malades étaient en effet simultanément infectés par divers autres virus au moment où ils ont développé la maladie : adénovirus, virus de la grippe (influenza) ou virus parainfluenza. Nous savons que tous ces virus sont capables eux-mêmes de provoquer des pneumonies, il est donc plus probable que la maladie ait été de leur fait plutôt que de celui du coronavirus canin. Tout au plus pouvons nous dire qu’il existe une association, chez ces patients, entre le fait de déclarer une pneumonie et la présence du coronavirus canin, mais nous ne pouvons affirmer qu’il existe un lien de causalité.

Des craintes ont été exprimées concernant le fait que le coronavirus canin identifié chez ces malades pourrait se transmettre d’une personne à l’autre, et ce faisant déclencher une flambée épidémique. Mais ce que les gros titres des journaux ne précisaient pas, c’est que ces infections sont en réalité survenues en 2017 et 2018. Aucune propagation de ce type n’a été mise en évidence au cours des dernières années, ce qui affaiblit encore la probabilité que ce virus puisse être à l’origine de foyers infectieux.

Notre attention est désormais focalisée sur les coronavirus. Nous allons inévitablement en découvrir de plus en plus, dans des endroits inattendus, à mesure que nous allons poursuivre nos recherches pour identifier les virus qui leur sont apparentés. L’immense majorité d’entre eux n’aura d’intérêt que pour les chercheurs qui les étudient, et ne devraient pas nous inquiéter. Toutefois, il est essentiel que la surveillance des coronavirus se poursuive et soit élargie, afin que nous puissions mettre de notre côté le maximum de chances d’identifier précocement les sauts d’espèce problématiques qui pourraient se produire à l’avenir.



Sarah L Caddy, Clinical Research Fellow in Viral Immunology and Veterinary Surgeon, University of Cambridge

Cet article est republié à partir de The Conversation sous licence Creative Commons.

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